News & events - Keyword : Bioinformatics

Chronological order of publication in this website

[BC]2 2021 banner

[BC]2 Basel Computational Biology Conference

Harnessing biological data: from molecular processes to human health

The Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) will organise [BC]2 from September 13 to 15, 2021 at the Congress Center Basel, Switzerland. The conference is Switzerland’s main event in the domain of computational biology and one of the major events of its kind in Europe. It features inspiring keynote lectures by international experts as well as presentations of the latest scientific results and methods in the field.

[BC]2 will take place live in Basel with all the necessary safeguards in place, to allow each of us to enjoy great science together and develop relationships during social activities. Remote access to the conference (access to all presentations and poster sessions) will be made possible for participants living in countries, which are affected by COVID-19 travel restrictions.

IVBM 2020 banner

International Virus Bioinformatics Meeting 2020

* New date: October 8 & 9, 2020 *

The International Virus Bioinformatics Meeting (IVBM) 2020 is a cross-disciplinary conference focussing on bioinformatics approaches in virology. Sub-topics include (but are not limited to): systems virology, virus-host interactions, virus classification and evolution, epidemiology and surveillance, viral metagenomics and ecology, as well as clinical bioinformatics. The meeting will take place from 8 to 9 October 2020 at the Eventforum in Bern, Switzerland.

IVBM 2020 is jointly organised by the European Virus Bioinformatics Center, the University of Bern and the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB).

Génomique et bioinformatique

SHAPEIT4: un algorithme pour la génomique
à grande échelle

Les haplotypes constituent un ensemble de variations génétiques qui, situés côte à côte sur un même chromosome, sont transmis en un seul groupe à la génération suivant. Leur examen permet de comprendre l’héritabilité de certains traits complexes, comme par exemple le risque de développer plus tard une maladie. Cependant, pour effectuer cette analyse, il faut généralement disposer du génome des membres d’une même famille (les parents et leur enfant), un procédé long et cher.

Pour contourner ce problème, des chercheurs des groupes du Prof. Emmanouil Dermitzakis de l'Université de Genève et du Prof. Olivier Delaneau de l'Université de Lausanne, tous deux également au SIB, Institut Suisse de Bioinformatique, ont mis au point SHAPEIT4, un puissant algorithme informatique permettant d’identifier très rapidement les haplotypes de centaines de milliers d’individus sans lien familiaux, avec un résultat aussi fin que dans le cadre d’analyses familiales impossibles à mener à si large échelle. Leur outil est maintenant disponible en ligne sous licence open source, à la disposition libre de l’ensemble de la communauté des chercheurs. A découvrir dans la revue Nature Communications.

Trompes d'éléphants

La trompe de l’éléphant
inspirera un robot révolutionnaire

Les éléphants interagissent avec leur environnement grâce à leur trompe, un organe d’une agilité et d’une polyvalence exceptionnelles qui leur permet de saisir des objets avec force ou délicatesse, de respirer, de manger, de boire et de communiquer avec leurs congénères.

Une équipe internationale de chercheurs va s’inspirer de cet organe qui combine le sens du toucher, une délicatesse insoupçonnée et une force remarquable pour développer un nouveau type de robot grâce au projet PROBOSCIS, financé par la Commission européenne, coordonné par l’IIT-Istituto Italiano di Tecnologia à Pontedera (Pise, Italie) et auquel participe le groupe du Prof. Michel Milinkovitch de l’Université de Genève. L’équipe suisse produira les données biologiques qui permettront de développer une nouvelle génération de robots manipulateurs, capables d’évoluer dans des environnements instables, de s’adapter rapidement à des situations inattendues et d’effectuer une multitude de tâches concrètes. Le projet pourrait ainsi bouleverser l’automatisation des tâches dans l’industrie manufacturière et alimentaire, comme dans les systèmes robotiques d’assistance aux personnes âgées ou handicapées.

User symposium banner

User symposium

iGE3 Genomics Platform user meeting

The next user symposium proposed by the Genomics Platform of iGE3 will take place on Friday, October 18, 2019, in room A04.2906 of the CMU, building A.

This event will feature speakers who will present their findings and experiences in using the services of the iGE3 Genomics Platform. The meeting will also be an opportunity to meet specialists from Thermo Fisher Scientific and Illumina for a presentation and discussion on the latest technological advances and solutions.

  • Attendance is free, but registration is required.
  • Registration: send an email to Mylene.Docquier@unige.ch.
  • Host: Mylene Docquier
Etat de santé des écosystèmes

Surveiller l’environnement grâce à l’intelligence artificielle

Les micro-organismes remplissent des fonctions clés dans les écosystèmes et leur diversité reflète l’état de santé de leur environnement. Or, ils sont encore largement sous-exploités dans les programmes de biosurveillance actuels, car difficilement identifiables.

Des chercheurs du groupe du Pr Jan Pawlowski de l’Université de Genève ont récemment mis au point une approche combinant deux technologies de pointe pour pallier ce manque. Ils se servent d’outils génomiques pour séquencer l’ADN des micro-organismes dans les prélèvements, puis exploitent cette masse considérable de données grâce à l’intelligence artificielle. Ils construisent ainsi des modèles prédictifs capables d’effectuer un diagnostic de santé des écosystèmes à large échelle et d’identifier les espèces qui remplissent des fonctions importantes. Cette nouvelle approche, publiée dans la revue Trends in Microbiology, permettra d’augmenter considérablement la capacité d’observation d’écosystèmes étendus et de diminuer le temps d’analyse, pour des programmes de biosurveillance de routine beaucoup plus performants.