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Les micro-organismes remplissent des fonctions clés dans les écosystèmes et leur diversité reflète l’état de santé de leur environnement. Or, ils sont encore largement sous-exploités dans les programmes de biosurveillance actuels, car difficilement identifiables.

Des chercheurs du groupe du Pr Jan Pawlowski de l’Université de Genève ont récemment mis au point une approche combinant deux technologies de pointe pour pallier ce manque. Ils se servent d’outils génomiques pour séquencer l’ADN des micro-organismes dans les prélèvements, puis exploitent cette masse considérable de données grâce à l’intelligence artificielle. Ils construisent ainsi des modèles prédictifs capables d’effectuer un diagnostic de santé des écosystèmes à large échelle et d’identifier les espèces qui remplissent des fonctions importantes. Cette nouvelle approche, publiée dans la revue Trends in Microbiology, permettra d’augmenter considérablement la capacité d’observation d’écosystèmes étendus et de diminuer le temps d’analyse, pour des programmes de biosurveillance de routine beaucoup plus performants.

La bactérie Staphylococcus aureus est responsable de nombreux types d’infections parfois mortelles chez l’humain. L’une de ses armes les plus redoutables est l’α-toxine, qui détruit les cellules de l’hôte en formant des pores au niveau de leurs membranes.

Des chercheurs du groupe de la Pre Sandra Citi de l’Université de Genève ont identifié le mécanisme qui permet l’ancrage de ces pores dans la membrane des cellules épithéliales. L’étude, publiée dans la revue Cell Reports, montre comment différentes protéines des cellules humaines s’assemblent en un complexe auquel s’arriment de nombreux pores, avec un verrou moléculaire qui stabilise le tout. Les biologistes démontrent également qu’il suffit de bloquer l’assemblage de deux des pièces du complexe pour que les pores puissent être enlevés de la membrane et que les cellules survivent. Identifier les mécanismes cellulaires de l’hôte qui contribuent à la virulence des toxines devient essentiel pour développer des approches thérapeutiques contre les bactéries résistantes aux antibiotiques.